С начала 90х годов сотрудники кафедры занимались разработкой одной из актуальнейших проблем – структурно-функциональное состояние сердца, гемодинамика, реология крови при артериальных гипертензиях различного генеза (АГ), при ишемической болезни сердца (ИБС), недостаточности кровообращения.
Исследование проводилось в рамках 2 утвержденных тем:
1. Дифференцированное лечение АГ и ИБС с учетом типа гемодинамики и особенностей биологических ритмов.
2. Совершенствование методов диагностики и контроля эффективности лечения иммунокомплексной патологии: хронического гломерулонефрита (ХГН), диффузных заболеваний соединительной ткани (ДБСТ) и ревматоидного артрита (РА).
В научных исследованиях этого периода участвовали: доцент А.Г. Гадаев, доцент Г.Ш. Алимова, доцент З.Ф. Умарова, доцент Л.Р. Вахидова, доцент Г.И. Исаханов, ассистент Г.Ш. Шамухиддинова, ассистент Б.К. Исамухамедов, ассистент Р.С. Суванов. Результатом явилась защита докторской диссертации «Механизмы артериальной гипертонии при ХГН» А.Г. Гадаевым и двух кандидатских диссертаций А.А. Каиповым и аспирантом Гаур Шундар Шаха. Это были одни из первых диссертаций по исследованию диастолической функции сердца и дифференцированным подходам к лечению АГ с учетом циркадных ритмов.
В 1993 году научно – исследовательская работа (НИР) поводилась согласно указанным темам. Однако исследования углублялись и расширялись благодаря включению новейших методов исследования в области реологии крови (агрегация тромбоцитов, эритроцитов), изучались экологические аспекты влияния биологических циркадных и сезонных ритмов. Широко использовалась вычислительная техника, на базе которой широкое развитие получила современная статистика. Защищена докторская диссертация Ю.Н. Зияева и аспирантов З.Т. Сабирджановой и Бисванатх Поддер.
С 1994 года расширился состав кафедры – доценты Н.П. Шафер, З.Т. Сабирджанова, Р.С. Суванов, Б.К. Исамухамедов, ассистенты Н.А. Нурмухамедова, М.У. Каримова, Р.С. Сайдалиев; в научную работу включилось 13 аспирантов и соискателей. В 1994 году успешно защитили кандидатские диссертации Н.П. Никитин и Н.С. Латыпова.
В 1996 году по кардиологии была запланирована и зарегистрирована тема «Изучение гемодинамики и функционального состояния миокарда, система агрегатного состояния крови и разработка эффективности методов лечения больных ГБ и ИБС». Успешно развивалось и второе направление, разрабатывающее вопросы заболеваний с иммунокомплексной патологией (ДБСТ, ХГН) и болезни с нарушением обмена веществ (диабетическая и уратная нефропатии). Глубоко на современном уровне исследовался иммунный статус, генетика. Изучалось влияние современных иммуносупрессоров на генетический аппарат, а именно, хромосомные аберрации, возникающие при их назначении. Сроки наблюдения были в пределах 6 месяцев – 1 год. В результате защищены 3 докторские диссертации Н.П. Никитин (1999 год), Н.Л. Халматова (1999 год), Б.Т. Даминов (2000 год) и 17 кандидатских диссертаций (Р.К. Джамалидинова, А.В. Грачев, Г.С. Джамбекова, А.Г. Ахунджанов, Г.Т. Даминов, Г.М. Мирсаматова, Э.А. Гайфуллина, А.А. Саидалимов, Р.Ш. Ходжаева, Р.С. Сайдалиев, З.Ф. Джуманиязова).
За период руководства кафедрой профессором А.Л. Аляви удалось совершить качественный скачок в руководстве и организации НИР кафедры. В её состав влилась талантливая работоспособная молодежь. На кафедре и в клинике создалась творческая обстановка. Результаты тщательно обсуждаются, жестко проводится кафедральная апробация. Пройдя такой контроль коллег и единомышленников соискатель успешно защищается.
В 1999 году под руководством А.Л. Аляви изданы 3 монографии:
1. «Лечение хронической сердечной недостаточности» А.Л. Аляви, Н.П. Никитин г. Ташкент.
2. «Беременность и роды при приобретенных пороках сердца» Д.Ф. Каримова, В.Е. Аваков, А.Л. Аляви г. Ташкент.
3. «Методы математической прогностики осложнений инфаркта миокарда» издательство «Шарк», 1999 год, препринт, 34 страницы.

В 2000 году была открыта и зарегистрирована новая тема НИР кафедры «Клинико-патогенетические и функционально-метаболические механизмы регуляции гемостаза и их фармакологическая коррекция»
К десятилетию независимости Республики Узбекистан учениками А.Л. Аляви защищены 2 докторские диссертации ( Б.Т. Даминов, Н.С. Латипова) и подготовлено 5 кандидатских диссертаций (С.Б. Мостовщиков, И.А. Рузметова, Д.А. Ибадуллаева, А.А. Хасанов, Х.А. Маматкулов, Д.А. Бухарбаева).
Независимость Республики Узбекистан дала широкий простор науки и выходу её к широкой информации научных достижений в странах СНГ и дальнего зарубежья. Более 10 статей были опубликованы в ведущих европейских журналах: «European journal of cardiology», «European journal of heart failure», «Cardiovascular imaging», «Med info 98», Part I, page 588, «An interactive forecasting model of acute MI mortality», proceeding of international conference «Knowledge transfer», London, July 22-26, 1996 year.
Основные разработки кафедры представлены в докладах и тезисах на международных конгрессах в Италии (1999 год), Канаде (1998 год), Турции (2001 год), Испании (1999 год), Англии (1999 год), неоднократно в странах СНГ: России, Казахстане, Киргизии, зарегистрированы в сети Internet.
Обширные научные наблюдения внедрены в практику здравоохранения. Подводя итог интенсивной и плановой НИР кафедры и клиники, можно полагать, что значительно возросла возможность публикаций. Материалы широко публиковались в периодической печати, на конгрессах, съездах, симпозиумах ближнего и дальнего зарубежья. Это объясняется независимым статусом Узбекистана и актуальностью тематики и полученных данных. Сотрудниками были получены данные, не только подтверждающие данные зарубежных ученых. Многие данные являются малоизвестными как в местной, так и в зарубежной печати, например:
1. Создан электро – эхокардиографический портрет ремоделированного сердца при остром инфаркте миокарда, гипертонической и ишемической болезни сердца, застойной сердечной недостаточности и диабетической кардиомиопатии.
2. Даны новые принципы лечения застойной сердечной недостаточности: ведущими являются ингибиторы АПФ, бета-блокаторы, сердечные гликозиды малых дозах при рефрактерной НК в сочетании с ингибиторами АПФ и диуретиками, а также при мерцательной аритмии.
3. Изучение сердца при сахарном диабете (СД) показало некоторую специфику, в том числе жесткость левого желудка и дальнейшее развитие рестриктивной кардиомиопатии.
4. При выявлении диабетической нефропатии использован метод микроальбуминурии, ранее не применявшийся в Узбекистане и являющийся наиболее достоверным на ранних стадиях нефропатии.
5. Изучено состояние ААТ (агрегационной активности тромбоцитов и эритроцитов) в клинке внутренних болезней. Апробированы методы коррекции. Установлено, что для ГБ характерно повышение ААТ, а также то, что ААТ повышается в холодное время и достоверно снижается в жаркое время. Последнее рассматривается как компенсаторный фактор.
6. Впервые выявлен антиген при ХГН и люпус – нефрите для узбеков, кроме того, это зависит от морфологического биопсийного варианта.
7. При изучении гормонального фона у больных люпус нефритом выявлено, что у них преобладают эстрогены и пролактин. Безусловной новизной можно считать эти же гормональные сдвиги и при аутоиммунных пролиферативных вариантах ХГН.
8. Показана эффективность сандиммуна при ХГН и люпус нефрите; на большом материале (200) больных в сроки от 6 месяцев до 1 года выработаны показания и дозы при лечении этих заболеваний.
9. Впервые в мире определялась чувствительность больных к сандиммуну.
За эти 10 лет на кафедре защищено 8 докторских диссертаций и 33 кандидатских, опубликовано более 300 научных работ, причем более 150 в виде журнальных статей в странах ближнего и дальнего зарубежья и Узбекистане.
С 2000 года к научной деятельности приобщены резиденты магистратуры, открытой на кафедре по специальностям «Кардиология» и «Терапия».
Регулярно на всех базах проводятся конференции, на которых обсуждаются достижения мировой науки, изучается периодическая печать.